GitHub Copilot を Markdown でカスタマイズする全機能マップ — instructions・AGENTS.md・Agent Skills の使い分け

1. はじめに

GitHub Copilot を Markdown ファイルでカスタマイズする手段は、この 1 年で一気に増えました。copilot-instructions.md、AGENTS.md、SKILL.md、*.prompt.md、*.agent.md……。どれも「テキストで Copilot の振る舞いを制御する」点は同じですが、効くタイミング・スコープ・対応プロダクトが異なります。

選択肢が増えた結果、「この用途ならどれを使うべきか」で迷う場面も増えました。本記事は個別機能の深掘りではなく、全機能を俯瞰して「どれを・いつ・なぜ選ぶか」を一望できるハブ記事です。各機能の詳しいセットアップ手順は、末尾の参考情報へ内部リンクで誘導します。

instructions の基本的な書き方は基礎編（実践ガイド）を、Agent Skills と Custom Agent の設計思想は使い分け解説を先に読むと、本記事の地図がより立体的になります。

2. 全体像とカスタマイズの3系統

まず全体像です。Copilot のカスタマイズは「いつ Copilot に効くか（注入タイミング）」で 3 系統に大別でき、それに実行基盤系（外部接続・環境構築）が加わります。

① 常時注入（always-on）: リクエストのたびに自動で文脈へ入る。custom instructions 各種と AGENTS.md / CLAUDE.md / GEMINI.md。
② 必要時ロード（on-demand）: モデルが関連ありと判断したときだけ読む。Agent Skills（SKILL.md）。
③ 明示起動（explicit）: ユーザーやエージェントが能動的に呼ぶ。Prompt files（/name）と Custom agents（モード切替）。
実行基盤系: MCP サーバー（外部ツール接続）、copilot-setup-steps.yml（cloud agent の環境構築）、Hooks（ライフサイクル制御）。

系統	代表機能	効き方
① 常時注入	instructions 各種 / AGENTS.md	自動で毎回
② 必要時ロード	Agent Skills	モデルが関連判定 or `/name`
③ 明示起動	Prompt files / Custom agents	ユーザーが起動
実行基盤	MCP / copilot-setup-steps.yml / Hooks	接続・準備・制御

3. 各機能ダイジェスト

各機能を「ファイルパス・frontmatter 要点・スコープ・適用方式」で短くまとめます。詳細手順は関連記事へどうぞ。

3.1 Repository custom instructions

パス: .github/copilot-instructions.md
frontmatter: なし（素の Markdown が全文注入される）
スコープ / 適用: リポジトリ全体・自動（常時）
最も広くサポートされる指示ファイルです。まずはここから始めるのが定石。基本は基礎編を参照してください。

3.2 Path-specific instructions

パス: .github/instructions/**/*.instructions.md
frontmatter: applyTo（glob。省略すると自動適用されず手動アタッチのみ）、excludeAgent。VS Code は name / description も可
スコープ / 適用: パス限定・applyTo マッチ時に自動
言語・レイヤー別にルールを分けたいモノレポ向けです。GitHub.com の Chat では未対応（cloud agent と code review のみ）。

3.3 Personal instructions

設定場所: github.com/copilot のプロフィール、または JetBrains の UI
スコープ / 適用: 個人の全会話・自動
GitHub.com Chat 専用の個人設定です。VS Code には同期されません（VS Code はユーザープロファイルの instruction ファイルが別メカニズムとして機能します）。

3.4 Organization instructions

設定場所: Organization Settings → Copilot → Custom instructions（組織オーナーのみ）
必要プラン: Business / Enterprise
スコープ / 適用: 組織メンバー全員・自動
GitHub.com の Chat / code review / cloud agent が対象です。旧 Enterprise「Coding Guidelines」は 2025-09-03 に廃止され、instructions ファイルへ統一されました。

3.5 AGENTS.md（+ CLAUDE.md / GEMINI.md）

パス: リポジトリ内の任意（ルート＝primary、サブ＝additional）。frontmatter なし
スコープ / 適用: リポジトリ横断標準・自動
copilot-instructions.md を置き換えず、両方が合成されます。複数の AI エージェントを併用するチームの共通言語です。CLAUDE.md / GEMINI.md も Copilot は読みます（.cursorrules / .clinerules は読みません）。GitHub.com のブラウザ Chat は非対応です。

3.6 Agent Skills（SKILL.md）

パス: .github/skills/<name>/SKILL.md（個人は ~/.copilot/skills/）
frontmatter: name（必須・親フォルダ名と一致）、description（必須・自動検出の判断材料）
スコープ / 適用: プロジェクト/個人・必要時ロード（自動検出 or /name）
指示＋スクリプト＋リソースをバンドルできる Anthropic 発のオープン標準です。詳細は使い分け解説と応用編（実践セットアップ）を参照してください。

3.7 Prompt files

パス: .github/prompts/*.prompt.md
frontmatter: description / name / agent / model / tools / argument-hint
スコープ / 適用: ワークスペース/個人・/prompt-name で明示起動
定型作業をワンコマンド化するテンプレートです。VS Code / Visual Studio 中心で、GitHub.com / CLI は非対応です。

3.8 Custom agents（旧 chat modes）

パス: .github/agents/*.agent.md（旧 .github/chatmodes/*.chatmode.md）
frontmatter: description / tools / model / agents / handoffs / target / user-invocable ほか
スコープ / 適用: WS/個人/組織/Ent・ドロップダウンで切替
ツール権限とモデルを役割ごとに固定し、ハンドオフで安全に受け渡す「ペルソナ」です。詳細は応用編を参照してください。

3.9 MCP サーバー

パス: .vscode/mcp.json / GitHub.com リポジトリ設定 / ~/.copilot/mcp-config.json
注意: 設定スキーマがサーフェスで異なる（VS Code は servers、GitHub.com/CLI は mcpServers）
スコープ / 適用: 個人〜Enterprise・外部ツール接続
外部ツール／データへの「配線」です。Business / Enterprise は既定で無効のためポリシー解放が必要です。

3.10 copilot-setup-steps.yml

パス: .github/workflows/copilot-setup-steps.yml（Actions ワークフロー形式）
必須要件: ジョブ名は copilot-setup-steps、デフォルトブランチに存在すること
スコープ / 適用: cloud agent の実行環境・起動前に依存関係を準備
Ubuntu / Windows 対応で、macOS 非対応です。

3.11 Hooks（参考）

パス: .github/hooks/*.json ほか
ライフサイクルの各点で処理を差し込む仕組みです。VS Code は Preview、cloud agent / CLI は GA。詳細は応用編（Agent Hooks）を参照してください。

4. マスター比較表

主要機能を観点別に並べた早見表です（2026-07 時点）。

機能	ファイル/パス	主要 frontmatter	スコープ	適用方式	GA/Preview
Repository instructions	`.github/copilot-instructions.md`	なし	リポジトリ	自動・常時	GA
Path-specific instructions	`.github/instructions/*/.instructions.md`	`applyTo`,`excludeAgent`	パス限定	`applyTo` マッチ時自動	GA（一部 IDE Preview）
Personal instructions	GitHub.com / JetBrains の UI	UI 入力	個人	自動・常時	GA
Organization instructions	Org 設定 UI	UI 入力	組織（Biz/Ent）	自動・常時	GA
AGENTS.md	`AGENTS.md`（ルート/ネスト）	なし	リポジトリ横断	自動・常時	GA（ネストは実験）
CLAUDE.md / GEMINI.md	ルート等	なし	リポジトリ	自動・常時	GA
Agent Skills	`.github/skills/<n>/SKILL.md`	`name`,`description`（必須）	プロジェクト/個人	自動検出 or `/name`	オープン標準 GA
Prompt files	`.github/prompts/*.prompt.md`	`description`,`agent`,`model`,`tools` ほか	WS/個人	`/name` 明示	GA
Custom agents（旧 chat modes）	`.github/agents/*.agent.md`	`description`,`tools`,`model`,`handoffs` ほか	WS/個人/組織/Ent	ドロップダウン切替	GA
copilot-setup-steps.yml	`.github/workflows/copilot-setup-steps.yml`	（Actions YAML）	リポジトリ	cloud agent 起動前	GA
MCP servers	`.vscode/mcp.json` / Repo 設定 / `mcp-config.json`	`servers`/`mcpServers`	個人〜Ent	ツール接続	GA（一部 Preview）

5. 対応プロダクト別マトリクス

同じ機能でもプロダクトによって対応状況が違います。凡例: ✓=GA / P=Preview / ✗=非対応。

機能	VS Code	Visual Studio	JetBrains	Eclipse	Xcode	GitHub.com	Copilot CLI
Custom instructions（総合）	✓	✓	P	P	P	✓	✓
Prompt files	✓	✓	P	✗	P	✗	✗
Custom agents（`*.agent.md`）	✓	✓	P	P	P	✓	✓
Agent Skills（`SKILL.md`）	✓	✓	P	✗	✗	✓	✓
Hooks	P	✗	✗	✗	✗	✓	✓
MCP servers	✓	✓	✓	✓	✓	✓	✓

※ 「GitHub.com」列の ✓ はサーフェス（ブラウザ Copilot Chat / Copilot cloud agent / Copilot code review）により対応が異なります。特にブラウザ Copilot Chat は AGENTS.md と path-specific instructions に非対応です。詳細は各機能ダイジェストを参照してください。

GitHub.com ブラウザ Chat の重要な制限: AGENTS.md と path-specific instructions は読み込まれません。GitHub.com でこれらを効かせられるのは Copilot cloud agent と Copilot code review です（ブラウザ Chat は repository-wide / personal / organization のみ）。この差はチーム設計で見落としやすいので要注意です。

6. 優先順位と合成の挙動

複数の指示が同時に存在するとき、Copilot は基本的にすべてを合成します。順位が意味を持つのは競合したときだけで、そのとき上位が優先されます。

GitHub.com の公式な優先順位（高 → 低）は次のとおりです。

Personal instructions（最高）
Repository custom instructions
- path-specific（*.instructions.md）
- repository-wide（copilot-instructions.md）
- agent instructions（AGENTS.md など）← Repository 層で最下位
Organization instructions（最低）

ポイントは「排他ではなく合成」という点です。AGENTS.md と copilot-instructions.md が両方あっても片方が無効化されることはなく、両方の内容が渡されます。
AGENTS.md が複数ある場合は最も近いものが優先（nearest-wins）。VS Code のネスト探索は実験的設定（chat.useNestedAgentsMdFiles）です。
モノレポで親リポジトリまで遡って検出したい場合は chat.useCustomizationsInParentRepositories を有効化します。

7. 使い分けの判断基準

「常に守らせたいのか、必要時だけか、明示起動か」を軸にすると迷いにくくなります。

やりたいこと	選ぶ機能	一言
常に守るルール・規約	custom instructions	常時注入
持ち運べる手順＋道具	Agent Skills	必要時ロード
定型タスクのショートカット	Prompt files	`/name` で起動
ツール制限＋役割ハンドオフ	Custom agents	切り替える役割
外部ツール／データ接続	MCP サーバー	外部接続の配線

7.1 AGENTS.md と copilot-instructions.md の棲み分け

copilot-instructions.md: Copilot 中心のチームの土台です。まずここに全体ルールを書きます。
AGENTS.md: Copilot 以外のエージェント（Claude Code / Codex / Cursor / Gemini CLI 等）も併用するなら、横断標準として追加します。両方置いても合成されるので競合しません。
迷ったら「Copilot だけなら copilot-instructions.md、複数エージェント併用なら AGENTS.md も」と覚えると簡単です（VS Code Docs の推奨と一致します）。

7.2 チーム / 個人 / 組織のスコープ選択

チーム共有 = リポジトリ内ファイル（.github/...）をソース管理します。レビュー可能で再現性が高い方法です。
個人 = GitHub.com / JetBrains の Personal instructions、VS Code ユーザープロファイル、~/.copilot/...。
組織 / Enterprise = Organization instructions（Biz/Ent、オーナー設定）や、org/enterprise の .github / .github-private にある agents/ 経由の配布です。

8. 最新動向と注意点

この領域は変化が速いので、2026-07 時点の要点を押さえておきます。

chat modes → custom agents リネーム: VS Code v1.106（2025-11-12）で名称・拡張子が変更されました（.chatmode.md → .agent.md）。旧ファイルは後方互換で動作し、開くと移行用の quick fix が出ます。
coding agent → cloud agent 改名: 2026-04-01 に「Copilot coding agent」が「Copilot cloud agent」へ改名され、リサーチ・計画機能が拡張されました。
AGENTS.md の標準化: 2025-12-09 に Linux Foundation の Agentic AI Foundation（AAIF）へ移管され、6 万以上（2026-07 時点）の OSS が採用する業界標準になりました。
Agent Skills はオープン標準: Anthropic が 2025-12-18 に公開（agentskills.io）。同日 Copilot も対応を発表しました。ポータビリティが最大の強みです。
Docs の URL 再編: VS Code は /docs/agent-customization/*、GitHub は /how-tos/* へ移動しました。古いブックマークはリダイレクト頼みになります。

断定を避けるべき未確定事項（一次情報で裏が取れていない点）:

VS Code の Agent Skills が現行で実験フラグを要するかは表記揺れがあり未確定です。
Copilot code review の AGENTS.md 対応は 2026-06-18 に Changelog で発表されましたが、サポート表への反映は遅延の可能性があります。
.chatmode.md 後方互換の廃止時期、および Enterprise 全体スコープの instructions は Docs 上に明示がなく未確定です。

9. まとめ

Copilot の Markdown カスタマイズは「注入タイミング × スコープ」で捉えると、機能が増えても迷いません。最小構成としては、次の 3 ステップから始めるのがおすすめです。

土台: .github/copilot-instructions.md に全体ルールを 1 枚書く。
分割: 言語・層で分けたくなったら *.instructions.md（applyTo）を足す。複数エージェント併用なら AGENTS.md も。
拡張: 繰り返す手順は Prompt files か Agent Skills、役割分担が要るなら Custom agents、外部接続は MCP。

まずは 1 枚の instructions から。必要に応じて上のレイヤーへ広げれば、少ないコストで Copilot の出力を安定させられます。各機能の実装手順は関連記事をどうぞ。

10. 参考情報

関連記事

GitHub Docs（横断リファレンス）

GitHub Docs（機能）

VS Code Docs / Release Notes

標準 / エコシステム

主要 Changelog

この記事の執筆にあたり、AI の支援を受けています。